鉴于《措施》对减免税治理的划定较为原则，《措施》划定，单个税种的减免税批准存案治理制度可以另行制订。记者在采访中相识到，另行制订单个税种的减免税批准存案治理制度很有须要，否则纳税人管理减免税批准、存案会遇到障碍。
好比，《措施》第五条划定：“纳税人享受存案类减免税，应当具备响应的减免税资质，并推行划定的存案手续。”这其中的“减免税资质”是指什么?企业怎样取得?与以前相比是否有转变?
现在，纳税人申请享受税收优惠政策，许多都需要取得相关资质。好比享受高新手艺企业优惠政策，需要取得科技部门发表的《高新手艺企业证书》;享受软件产物即征即退优惠政策，需要取得经济和信息化委员会发表的《软件产物挂号证书》或著作权行政治理部门发表的《盘算机软件著作权挂号证书》;享受福利企业即征即退优惠政策，则需要取得民政部门认定的资质，等等。
以软件产物增值税即征即退政策为例，取得经信委对软件产物的认定即其印发的《软件产物挂号证书》，是享受此项政策的必备条件之一。而从今年2月起，作为响应国家简政放权招呼的一项措施，经信委已将此证书作废。在《软件产物挂号证书》作废的情形下，纳税人该怎样管理存案?这需要增值税减免税治理制度作出更详细的划定。
另外，《措施》第五条作废了原《措施》第五条划定“纳税人未按划定存案的，一律不得减免税。”同时，《措施》第十四条划定：“存案类减免税的实行可以根据减轻纳税人肩负、利便税收征管的原则，要求纳税人在首次享受减免税的申报阶段在纳税申报表中附列或附送质料举行存案，也可以要求纳税人在申报征期后的其他划定限期内提交报备资料举行存案。”
这个“申报征期后的其他划定限期内”容易让人发生歧义。假设纳税人未在划定限期内存案，税务机关应怎样处置惩罚?若是税务机关不允许该纳税人享受优惠政策，税收法例没有支持，由于《措施》没有对此明确划定。若是税务机关允许该纳税人享受优惠政策，那就意味着纳税人何时管理存案都可以，无所谓划定的限期内外之分，只要在注销前存案即可，这又与《措施》第十四条发生矛盾。这些问题怎样解决，也需要更细的操作划定。
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