方法规则，各级当局该当支撑审计机关依法自力开展审计任务，从人员、经费上为其开展专项资金审计供给保证，催促被审计单位施行审计决议，落实审计整改看法，并充分使用审计效果，不时完美增强资金治理的机制、制度；治理运用专项资金的各级行政主管部分及项目单位该当依法承受审计监视，树立审计整改制度，对审计决议请求改正处置的问题在规则时限内施行终了，并将整改后果报送审计机关。
方法明白，审计机关对专项资金审计监视的事项包罗：各级财务部分对下级财务津贴及本级预算放置的专项资金的治理、拨付状况；各级行政主管部分对同级财务及下级主管部分拨入专项资金的治理、拨付及运用状况；各级行政主管部分及项目单位对专项资金投入项目的立项和施行中治理、运用及效益状况；本级当局和下级审计机关交办的专项资金审计监视事项；法令、律例、规章规则的其他事项。
方法在对省、市、县三级审计机关专项资金审计方案的体例与施行、审计的组织体例等做出规则的同时，请求主动奉行专项资金效益审计。方法还请求，各级审计机关该当在外地当局指导下，树立与财务、监察等相关部分的任务谐和机制，增强财务专项资金审计监视方案和任务状况的相同，落实财务专项资金审计中触及暂停财务拨款、扣缴该当上缴的金钱、追查背纪背规义务等处置办法，推进任务的谐和合作。
方法强调，审计机关在审计中发觉相关专项资金治理机制制度方面的问题，该当向本级当局或相关主管部分提出改良完美的建议。审计机关在法定权柄范畴内做出的审计决议，被审计单位该当施行。对拒不施行审计决议的单位，审计机关该当演讲本级当局或许传递相关主管部分，由本级当局或许相关主管部分依法采纳其他处置办法。
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